Program Madrasah Diniyah Putri di Annur 3 Murah Banyu berkesinambungan dengan sekolah formal, oleh karena itu Program Madrasah Diniyah Putri di Annur 3 Murah Banyu terbagi menjadi 2 bagian yaitu program B dan program A. Program B adalah program 6 tahun yang dimulai dari santri yang mendaftar pada waktu masih SMP/Mts dan program A adalah program 3 tahun yang dimulai dari santri yang mendaftar pada waktu masuk SMA/MA/SMK.
